R语言作为一种不断更新的开源的分析软件, 是通过可选包 (package) 的方式来拓展基本功能, 方便用户使用的。这些拓展包提供了大量的分析方法和功能, 用户可根据数据分析的需要选择下载和安装。
包是R语言函数、实例数据、预编译代码以一种定义完善的格式组成的集合,R语言自带了一系列默认包, 提供了种类繁多的函数和数据集。 R包的存储目录称为库 (library), 函数.libPaths() 能够显示库所在的位置。

包的安装

第一次安装一个包, 使用命令 install. packages() 即可。安装 R 包时经常会出现问题, 可以添加参数 repos 来切换镜像, 也可把包下载到本地然后安装, 例如 install.packages(“包的路径”, repos=NULL)。可以使用函数 update.packages() 更新已经安装的包。

CRAN 是R语言默认使用的R包仓库, 使用函数 install.packages() 只能用于安装发布在 CRAN 上的包。Bioconductor 是一个专门用于生物信息分析相关的软件包仓库, 需要用专门的命令进行安装, 官网的安装方法如下所示:

if (! requireNamespace(' BiocManager', quiety = TRUE))
install, packages( ' BiocManager' )
BiocManager: : install(version = "3.12')

使用函数 BiocManager: : install()安装 Bioconductor 中的包, 直接将包名作为参数提供给这个函数。

包的载入

包在安装完成后, 在 R 语言会话中使用该包前, 使用 library（“包名”)命令载人到会话 环境中。在一次会话中,包只需载入一次,每次重启R语言都需要重新载入R包。也可使用不带参数的 library() 来查看已安装的 R 包, 使用 search()函数車看编译环境下已载入的包。

包的使用

R包载人后就可以使用R包中定义的函数和数据集, 包中往往提供演示性的小型数据集和示例代码, 使用命令 help(package= "package_name") 可以查看该包的简介及包中的函数和数据集的名称列表。使用函数 help()可了解指定函数的更多内容。

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